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Thèse

Étude des leptospires dans les eaux de surface à Paris : quantification, dynamique, persistance et identification des espèces circulantes

Résumé : Les leptospires pathogènes sont responsables d’une zoonose de répartition mondiale, la leptospirose, où l’homme peut être un hôte occasionnel. Le réservoir animal, principalement les rongeurs, excrète les leptospires dans ses urines et contamine ainsi l’environnement hydrique. Depuis 2015, près de 600 cas de leptospirose ont été recensés en Métropole. L’augmentation du nombre de cas pourrait être due à plusieurs facteurs dont l'augmentation des comportements à risques (ex : sports aquatiques). L’étude de l’écologie des leptospires en milieu aquatique se développe ces dernières années, mais ces bactéries ne sont toujours pas intégrées dans le contrôle sanitaire des eaux. Les activités nautiques en milieu urbain sont de plus en plus fréquentes et pourraient augmenter l’exposition des usagers à ce pathogène.Dans ces travaux nous avons tenté d’obtenir un premier aperçu de la présence des leptospires dans les eaux de surface parisiennes. Pour ce faire, une qPCR d’intégrité fonctionnant en multiplex a été mise au point. Basée sur deux gènes spécifiques et éprouvée lors de tests d’inactivation (UV, chlore, etc.), elle permet la détection de l’ensemble des leptospires (gène rrs) mais également la distinction de la part de pathogènes (gène lipL32). De juin 2018 à septembre 2020, cette méthode a été appliquée sur la recherche des leptospires pathogènes chez les rats (plus de 190 reins analysés) et sur plusieurs sites d’eau douce (plus de 1000 prélèvements), susceptibles d’accueillir des lieux de baignades. Dans un second temps, une comparaison de la diversité des souches circulantes dans les eaux et celles présentes chez le rat (réservoir principal potentiel) a également pu être étudiée par séquençage NGS. L’analyse des reins de rats a révélé la présence d’une seule OTU, regroupant des espèces pathogènes. Du fait de la grande diversité de leptospires et de bactéries dans les eaux de surface, la diversité au sein des échantillons environnementaux est plus grande mais comprend parfois des leptospires pathogènes. La concentration de ces espèces semble diminuer ces dernières années.Ces résultats permettent pour la première fois de connaitre la contamination environnementale dans les zones de baignade urbaine, au sein d’une grande agglomération (sous climat tempéré), en utilisant Paris comme région « témoin » dans un contexte d’ouverture programmée d’espaces de baignade dans des eaux de surface. Inscrit dans l’approche One Health, ce projet a pour objectif de sensibiliser la communauté médicale, la population et les services de contrôles sanitaires de l’eau sur le risque potentiel lié à ces bactéries ; et si cela est justifié, de mettre en place des mesures de prévention.
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Thèse
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https://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-03541692
Contributeur : Abes Star :  Contact
Soumis le : lundi 24 janvier 2022 - 18:36:48
Dernière modification le : mercredi 16 mars 2022 - 16:39:54
Archivage à long terme le : : mardi 26 avril 2022 - 08:32:50

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2021ENPC0014.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03541692, version 1

Citation

Élise Richard. Étude des leptospires dans les eaux de surface à Paris : quantification, dynamique, persistance et identification des espèces circulantes. Ingénierie de l'environnement. École des Ponts ParisTech, 2021. Français. ⟨NNT : 2021ENPC0014⟩. ⟨tel-03541692⟩

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